哪種檔案系統是您的最佳選擇？
選擇最適合您的檔案系統，建議可從幾個面向考量：
1. 相容性：
以 SDHC 記憶卡為例，如果您的 SDHC 記憶卡係以提供數位相機、攝錄影機、車用導航機等週邊使用為主，則 FAT32 的高度週邊相容性，應是您的首要選擇；但如果您的週邊支援 32 GB 以上儲存空間的 SDXC 記憶卡，則 exFAT 或許是更佳考量。此外，對於市售儲存容量動輒超過 250 GB以上的外接硬碟，建議使用 NTFS 或 exFAT 檔案系統，在不同作業系統之間的相容性最佳。
2. 個人需求：
如果相容性並非您的主要考量（無需與其他電腦或週邊裝置共用儲存媒體），筆者建議您可依自己的需要訂作符合自身需求的檔案系統，至於 FAT32、NTFS 或 exFAT，因為主流作業系統皆已支援，皆是不錯的選擇。但對於常需要編輯影片的多媒體工作者而言，FAT32 有單一檔案儲存空間不得超過 4 GB 的限制，如果檔案大小有超過此限值的可能，則 NTFS 或 exFAT 檔案系統，應該是較好的選擇。而 NTFS 檔案系統支援日誌 (journaling) 功能，相較 FAT32 及 exFAT 有更佳的穩定性，但缺點是檔案系統本身占用較多的儲存空間（以筆者的 1.5 TB 外接硬碟為例，NTFS 檔案系統本身即占了數百 MB）。
當您決定選擇何種檔案系統，之後，建議再依據您主要的資料檔案類型，選擇搭配適當的叢集 (cluster) 大小（即Windows XP 及 Windows 7 格式化工具的「配置單位大小」下拉式清單項目），即可進一步將儲存空間做最有效率的使用。
最後，依據筆者的使用經驗，如果資料檔案類型係以文書、試算表等較小容量的檔案為主，則 4 kB 大小的叢集（或者更小的叢集）絕對是不錯的選擇。如果資料係以未壓縮型式 (RAW) 的數位照片、影音畫面等多媒體資料為主，則建議選用 32 kB 以上的大叢集，應可以增進您硬碟的讀寫效率。
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